根據《澳門大學章程》第十八條，校董會的主要職權如下：
（一） 通過澳大的總體方針及發展計劃；
（二） 通過澳大年度及多年度的工作計劃及財政計劃；
（三） 審議澳大的本身預算案，並呈交行政長官核准；
（四） 審議澳大的補充預算案，並呈交行政長官核准；
（五） 通過澳大的修改預算案，並公佈於《澳門特別行政區公報》；
（六） 通過銀行帳戶的開立；
（七） 審議管理帳目，並呈交行政長官核准；
（八） 審議澳大的工作報告及財務報告，並呈交行政長官核准；
（九） 聽取校長及教務委員會意見後，制定《澳門大學章程》及《澳門大學人員通則》的修改議案，並呈交行政長官核准；
（十） 制定澳大人員報酬制度的修改議案，並呈交行政長官核准；
（十一） 通過澳大各項規章，並予以公佈；
（十二） 向校監呈交澳大標誌的修改建議；
（十三） 向校監推薦頒授榮譽學位及其他榮譽名銜名單；
（十四） 建議校董會成員的人選；
（十五） 招聘及建議校長候選人；
（十六） 在校長建議下任免副校長；
（十七） 在校長建議下任免學院院長；
（十八） 按照澳大長遠發展需要及財政可行性，通過新課程的設立，並將課程的學術與教學編排及學習計劃以通告形式公佈於《澳門特別行政區公報》；
（十九） 按照澳大長遠發展需要及財政可行性，通過新基本學術單位及新獨立學術單位的設立；
（二十） 檢討及釐定澳大各項費用及手續費；
（二十一） 接受給予澳大的各項津貼、捐贈、遺產及遺贈；
（二十二） 批准有關動產及不動產的租賃或其他權利的設定，以及閒置或不適合的財產的轉讓或銷毀；
（二十三） 對按明文規定向澳大提起的上訴作出決定。
