校董會為澳門大學最高合議機關，負責制定澳大的發展方針及監察其執行，並促進澳大與社會的聯繫。

校董會主要由被公認為有成就的人士（由行政長官從澳門特別行政區以內或以外的科學、經濟、社會事務、教育及文化領域的人士中委任）、政府官員、澳大校內成員，以及其他成員組成，現時共二十九位成員。